あらー…。３月３１日に閉店することになりました。入居している三越アルコットがビックカメラに変わるのでそれにあわせてってことみたいです。ネット上には惜しむ声が各所で上がっています。（ITmedia）
公式サイトには下記のように告知されています。Amazonなんかのネット書店の台頭でしょうかね…。
ジュンク堂書店新宿店は、平成24年3月31日（土）をもちまして、閉店させていただくことになりました。昨年来多くのお客さまから、当店の存続のご要望をいただいておりましたにもかかわらず、力及ばずご期待にお応えできませんこと、誠に申し訳なく存じます。2004年秋のオープン以来7年余の営業でございましたが、皆様から暖かいご支援、ご愛顧を賜りましたことを、心より御礼申し上げます。
これからも、近隣のジュンク堂書店に変わらぬご愛顧のほど、何卒よろしくお願い申し上げます。